軟體著作權可以聯合申報嗎

當然可以，你可以跟公司這些協約一起申請，還可以簽訂合作協議明確著作權的歸屬問題。

建議您個人申請該軟體的著作權，隨後與該公司簽訂著作權使用合同，授權該公司進行銷售及維護。這樣您才是著作權法上所稱的“作者”，享有署名權、修改權及複製權等。